LVI izveidots, pamatojoties uz Latvijas Republikas Ministru kabineta 1936. gada 14. janvārī pieņemto “Likumu par Latvijas vēstures institūtu”. LVI statūtos par institūta prioritātēm tika noteikta Latvijas vēstures avotu apzināšana un publiskošana un vēstures pētījumu veicināšana.
Svarīga loma institūta darbībā bija arī tā grāmatu apgādam, kurā sagatavoti un izdoti augstvērtīgi Latvijas vēstures avotu krājumi. Savukārt 1937. gadā dibināts Latvijas Vēstures Institūta Žurnāls, kas mūsdienās ir viens no senākajiem un nozīmīgākajiem humanitāro zinātņu periodiskajiem izdevumiem Latvijā.
Pēc Latvijas valstiskās neatkarības zaudēšanas 1940. gadā LVI darbību būtiski ietekmēja gan padomju, gan nacistu okupācijas varas. Institūts tika pakļauts administratīviem pārkārtojumiem un vairākkārt mainīja savu statusu un nosaukumu. No 1942. līdz 1944. gadam tas darbojās kā Vēstures krātuve, bet 1946. gadā tika iekļauts LPSR Zinātņu akadēmijas sistēmā kā Vēstures un materiālas kultūras institūts (kopš 1959. gada – Vēstures institūts).
Lai arī institūta darbu ierobežoja un ietekmēja padomju ideoloģija, 20. gadsimta 60.–80. gados tika sasniegti ievērojami zinātniskie rezultāti vairākās vēstures nozarēs un apakšnozarēs. Īpaši nozīmīgi pētījumi veikti Latvijas senvēsturē, agrārajā un saimniecības vēsturē, Rīgas pilsētas vēstures izpētē, kā arī jauno un jaunāko laiku vēsturē un citās jomās.
Pēc Latvijas valstiskuma atjaunošanas 1990.–1991. gadā institūts turpināja darbu kā viena no Latvijas Zinātņu akadēmijas struktūrvienībām, vienlaikus atgūstot savu vēsturisko nosaukumu – Latvijas vēstures institūts. Nozīmīgs pavērsiens notika 1994. gada 1. janvārī, kad LVI atkal nonāca Latvijas Universitātes paspārnē.
Kopš 1990. gadu sākuma institūta zinātnieki ir snieguši ievērojamu ieguldījumu Latvijas vēstures izpētē, tostarp vairākus gadu desmitus noliegto vai ideoloģizēto tēmu pētniecībā. Pēc institūta darbības atjaunošanas nozīmīga loma bijusi tā apgādam un Latvijas Vēstures Institūta Žurnālam. Šie izdevumi, tāpat kā daudzās zinātniskās monogrāfijas un rakstu krājumi, ne tikai nodrošina augstas kvalitātes zinātnisku publikāciju pieejamību, bet arī palīdz uzrunāt visplašāko vēstures interesentu loku, stiprinot saikni starp akadēmisko pētniecību un sabiedrību.
Latvijas Universitātes konsolidācijas procesa rezultātā Latvijas vēstures institūts no 2024. gada 1. jūlija darbojas kā LU Humanitāro zinātņu fakultātes struktūrvienība. Tas iezīmē jaunu posmu institūta attīstībā, vienlaikus saglabājot tā ilggadējās pētniecības tradīcijas un akadēmisko identitāti.
Mūsdienās institūtā tiek īstenoti augstvērtīgi un starptautiski atzīti pētījumi arheoloģijā un bioarheoloģijā, etnoloģijā un etnogrāfijā, kā arī dažādu periodu militāri-politiskajā un sociāli-ekonomiskajā vēsturē. LVI rīcībā ir starptautiski nozīmīgi pētniecības resursi – Arheoloģisko materiālu, Bioarheoloģisko materiālu un Etnogrāfisko materiālu krātuves, kā arī Dendrohronoloģijas laboratorija.
Pašlaik LVI zinātnieki aktīvi piedalās vairākos nacionālos un starptautiskos pētniecības projektos, tostarp Valsts pētījumu programmas Latvijas 20.–21. gadsimta vēsturē īstenošanā. Par stabilu un gaidītu tradīciju ir kļuvuši institūta sadarbībā ar Valmieras muzeju un ārvalstu partneriem rīkotie “Jauno vēsturnieku zinātniskie lasījumi”, kas veicina jauno pētnieku iesaisti un starptautisku ideju apmaiņu.
LVI zinātnieki ir kļuvuši par atzītiem vēstures nozares ekspertiem gan akadēmiskajā vidē, gan publiskajā telpā, sniedzot profesionālu un sabiedrībai nozīmīgu skatījumu uz Latvijas vēstures procesiem, tostarp radot zināšanas, kas stiprina nācijas identitāti, valstisko piederību un drošību.

